Penggunaan pestisida di lingkungan pertanian menjadi masalah yanga sangat dilematis. Di satu pihak dengan digunakannya pestisida maka kehilangan hasil yang diakibatkan organisme penggangu tanaman (OPT) dapat ditekan, akan tetapi akan menimbulkan dampak negatif terhadap lingkungan. Dilain pihak, tanpa penggunaan pestisida akan sulit menekan kehilangan hasil yang diakibatkan OPT. Dilema yang dihadapi dalam menangani masalah produksi pertanian, khususnya pangan adalah apabila dikegiatan pertanian dilakukan tanpa penggunaan pestisida maka sulit diperoleh produk pertanian yang memadai. Namun dilain pihak dengan penggunaan pestisida yang kurang bijaksana (bersifat sintesis) sering merugikan terhadap lingkungan. Beberapa kasus yang sering merugikan yaitu diantaranya : a) kasus keracunan dibeberapa daerah, b) polusi lingkungan, c) perkembangan serangga menjadi resisten, resurgen ataupun toleran terhadap pestisida
Setali tiga uang dengan penggunaan pupuk pada tanah dan tanaman pangan. Penggunaan pupuk kimia yang terus menerus dilakukan sebagian besar petani ditiap musimnya tanpa diimbangi dengan penggunaan pupuk organik akan mengakibatkan dan berdampak cukup besar bagi kesuburan tanah tersebut. Hal ini bisa bisa kita lihat dengan kondisi tanah yang semakin hari semakin tandus, selain itu juga beban subsisdi pemerintah dalam pupuk semakin membengkak ditiap tahunnya sehingga terkadang juga dibeberapa daerah terjadi kelangkaan pupuk bersubsidi.